Sejarah perkembangan KKP tidak terlepas dari sejarah perkembangan Karantina di dunia. Karantina berasal dari bahasa latin yaitu “Quadraginta” yang artinya 40. Angka 40 berasal dari peristiwa isolasi yang dilakukan terhadap penderita penyakit menular selama 40 hari agar tidak menyebar ke orang lain. Tahun 1348 lebih 60 juta penduduk dunia meninggal karena penyakit Pest (dulu dikenal peristiwa Black Death). Tahun 1377 di Roguasa dibuat suatu peraturan bahwa penumpang kapal dari daerah terjangkit hama harus diisolasi di suatu tempat di luar pelabuhan agar bebas dari penyakit tersebut. Ini adalah sejarah tindakan karantina yang pertama kali dilakukan. Tahun 1383 UU Karantina ditetapkan pertama kali di Marseille Prancis. Tahun 1911 di Indonesia penyakit hama muncul di Surabaya, tahun 1916 muncul hama di Semarang dan tahun 1923 hama muncul dengan masuk melalui pelabuhan Cirebon.

Pada waktu itu (zaman kolonial Belanda) regulasi yang berlaku adalah Quarantine Ordonantie (Staatsblad Nomor 277 tahun 1911), penanganan kesehatan di pelabuhan dilakukan oleh Haven Arts (Dokter Pelabuhan) di bawah Haven Master (Syahbandar). Pada saat itu Haven Art hanya ada dua yaitu di Pulau Rubiah (Sabang) dan di Pulau Onrust di Teluk Jakarta. Tahun 1949 pemerintah RI membentuk 5 pelabuhan Karantina yaitu :

1. Pelabuhan Karantina Kelas I di Tanjung Priok
2. Pelabuhan Karantina Kelas I di Sabang
3. Pelabuhan Karantina Kelas II di Surabaya
4. Pelabuhan Karantina Kelas II di Semarang
5. Pelabuhan Karantina Kelas III di Cilacap

Inilah awal keberadaan Kesehatan Pelabuhan di Indonesia. Tahun 1959 Indonesia mengeluarkan PP No.53 tentang Penyakit Karantina dan tahun 1962 dibuat UU Karantina No.1 tentang Karantina Laut dan No.2 tentang Karantina Udara. Tahun 1970 terbit SK Menteri Kesehatan No.1025/DD/Menkes/78 tentang Pembentukan Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU). Tahun 1978 terbit SK Menkes No.147/Menkes/IV/78 DKPL/DKPU dilebur menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan, dengan Eselon IIIB, yakni 10 KKP Kelas A dan 34 KKP Kelas B. Tahun 1985 terbit SK Menkes No.630/Menkes/XII /85 menggantikan SK No.147/Menkes/IV/78, Jumlah KKP Kelas B bertambah 2 yaitu Bengkulu dan Dilli sehingga jumlah seluruh KKP menjadi 46. Tahun 2004 terbit SK Menkes No.265/Menkes/SK/III/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, bahwa klasifikasi KKP berubah menjadi KKP Kelas I, II dan III.

Kemudian pada tahun 2007, terbit Permenkes nomor 167 yang merupakan perbaikan Kepmenkes No. 265 yakni penambahan KKP kelas III menjadi 32 KKP sekaligus wilayah kerja dan pada tahun 2008 perubahan Permenkes menjadi No. 356. Yang didalamnya terdapat beberapa perubahan. Pada tahun 2011 terjadi lagi perubahan Permenkes menjadi nomor 2348 dengan penambahan satu kelas KKP Kelas IV, yaitu Yogyakarta sehinga yang semuanya menjadi 4 Kelas, yaitu : 

1. Kantor Kesehatan Pelabuhan Tanjung Priok
2. Kantor Kesehatan Pelabuhan Denpasar
3. Kantor Kesehatan Pelabuhan Surabaya
4. Kantor Kesehatan Pelabuhan Soekarno Hatta
5. Kantor Kesehatan Pelabuhan Medan
6. Kantor Kesehatan Pelabuhan Makasar
7. Kantor Kesehatan Pelabuhan Batam

Kelas II, 21 Kantor Kesehatan Pelabuhan, yaitu :

1. Kantor Kesehatan Pelabuhan Tanjung Pinang
2. Kantor Kesehatan Pelabuhan Banjarmasin
3. Kantor Kesehatan Pelabuhan Kendari
4. Kantor Kesehatan Pelabuhan Tarakan
5. Kantor Kesehatan Pelabuhan Mataram
6. Kantor Kesehatan Pelabuhan Padang
7. Kantor Kesehatan Pelabuhan Semarang
8. Kantor Kesehatan Pelabuhan Palembang
9. Kantor Kesehatan Pelabuhan Probolinggo
10. Kantor Kesehatan Pelabuhan Ambon
11. Kantor Kesehatan Pelabuhan Pekanbaru
12. Kantor Kesehatan Pelabuhan Balikpapan
13. Kantor Kesehatan Pelabuhan Manado
14. Kantor Kesehatan Pelabuhan Bandung
15. Kantor Kesehatan Pelabuhan Banten
16. Kantor Kesehatan Pelabuhan Pontianak
17. Kantor Kesehatan Pelabuhan Samarinda
18. Kantor Kesehatan Pelabuhan Cilacap
19. Kantor Kesehatan Pelabuhan Panjang
20. Kantor Kesehatan Pelabuhan Jayapura
21. Kantor Kesehatan Pelabuhan Tanjung Balai Karimun

Kelas III, 20 Kantor Kesehatan Pelabuhan, yaitu :

1. Kantor Kesehatan Pelabuhan Pangkal Pinang
2. Kantor Kesehatan Pelabuhan Bitung
3. Kantor Kesehatan Pelabuhan Tembilahan
4. Kantor Kesehatan Pelabuhan Jambi
5. Kantor Kesehatan Pelabuhan Dumai
6. Kantor Kesehatan Pelabuhan Palu
7. Kantor Kesehatan Pelabuhan Kupang
8. Kantor Kesehatan Pelabuhan Biak
9. Kantor Kesehatan Pelabuhan Sorong
10. Kantor Kesehatan Pelabuhan Manokwari
11. Kantor Kesehatan Pelabuhan Sampit
12. Kantor Kesehatan Pelabuhan Banda Aceh
13. Kantor Kesehatan Pelabuhan Merauke
14. Kantor Kesehatan Pelabuhan Lhoksemawe
15. Kantor Kesehatan Pelabuhan Bengkulu
16. Kantor Kesehatan Pelabuhan Poso
17. Kantor Kesehatan Pelabuhan Palangkaraya
18. Kantor Kesehatan Pelabuhan Gorontalo
19. Kantor Kesehatan Pelabuhan Ternate
20. Kantor Kesehatan Pelabuhan Sabang

Kelas IV, 1 Kantor Kesehatan Pelabuhan, yaitu :

1. Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta

Pada tahun 2023 Menteri Kesehatan Republik Indonesia mengeluarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 10 Tahun 2023 tentang organisasi dan tata kerja unit pelaksana teknis bidang kekarantinaan. Berdasarkan permenkes tersebut nomenklatur Kantor Kesehatan Pelabuhan berganti menjadi Balai Kekarantinaan Kesehatan atau disingkat Balai Karkes.