Pada awalnya Tugas Pokok dan Fungsi Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Padang beserta tata kelola unit, organisasi tim dan kelompok kerjadiatur sesuai dengan Peraturan Menteri Kesehatan RI No. 356/MENKES/PER/IV/2008 dan perubahannya No. 2348 Tahun 2011, yaitu : melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah, surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kesehatan lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.Sedangkan dalam melaksanakan tugasnya, KKP berfungsi sebagai :

1. Pelaksanaan kekarantinaan.

2. Pelaksanaan pelayanan kesehatan.

3. Pelaksanaan pengendalian risiko lingkungan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.

4. Pelaksanaan pengamatan penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru, dan penyakit yang muncul kembali.

5. Pelaksanaan pengamanan radiasi pengion dan non pengion, biologi, dan kimia.

6. Pelaksanaan sentra/simpul jejaring surveilans epidemiologi sesuai penyakit yang berkaitan dengan lalu lintas nasional, regional, dan internasional.

7. Pelaksanaan, fasilitasi dan advokasi kesiapsiagaan dan penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) dan bencana bidang kesehatan, serta kesehatan matra termasuk penyelenggaraan kesehatan haji dan perpindahan penduduk.

8. Pelaksanaan, fasilitasi, dan advokasi kesehatan kerja di lingkungan bandara pelabuhan, dan lintas batas darat negara.

9.  Pelaksanaan pelaksanaan pemberian sertifikat kesehatan obat, makanan, kosmetika dan  alat kesehatan serta bahan adiktif (OMKABA) ekspor dan mengawasi persyaratan dokumen kesehatan OMKBA impor.

10. Pelaksanaan pengawasan kesehatan alat angkut dan muatannya.

11. Pelaksanaan pemberian pelayanan kesehatan di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.

12. Pelaksanaan jejaring informasi dan teknologi bidang kesehatan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.

13. m. Pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan bidang kesehatan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara.

14. Pelaksanaan kajian kekarantinaan, pengendalian risiko lingkungan, dan surveilans kesehatan pelabuhan.

15. Pelaksanaan pelatihan teknis bidang kesehatan bandara, pelabuhan dan lintas batas negara.

16. Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan KKP.

Struktur Organisasi KKP Kelas II Padang sesuai Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 2348/MENKES/PER/XI/2011 Tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 356/MENKES/PER/IV/2008 terdiri dari :

1. Subbagian Tata Usaha

2. Seksi Pengendalian Karantina dan Surveilans Epidemiologi

3. Seksi Pengendalian Risiko Lingkungan dan Kesehatan Lintas Wilayah

4. Instalasi

5. Wilayah Kerja

6. Kelompok Jabatan Fungsional

Seiring dengan perkembangannya, untuk melaksanakan kebijakan penyederhanaan birokrasi dalam mewujudkan organisasi yang lebih proporsional, efektif, dan efisien guna meningkatkan kinerja pelaksanaan tugas kantor kesehatan pelabuhan, diperlukan penataan kembali organisasi dan tata kerja kantor kesehatan pelabuhan yang dituangkan ke dalam PERATURAN MENTERI KESEHATAN RI NO 77 TAHUN 2020 TENTANG ORGANISASI  DAN TATA KERJA KANTOR KESEHATAN PELABUHAN. 

Sesuai Pasal 8 PMK No 77 Tahun 2020 Susunan Organisasai KKP Kelas II Padang terdiri atas :

a. subbagian administrasi umum;

b. instalasi;

c. wilayah kerja; dan

d. kelompok jabatan fungsional

Subbagian administrasi umum sebagaimana dimaksud pada ayat (1) huruf a mempunyai tugas melakukan koordinasi penyusunan rencana, program, dan anggaran, pengelolaan keuangan dan barang milik negara, urusan kepegawaian, organisasi dan tata laksana, dan hubungan masyarakat, pemantauan, evaluasi, dan pelaporan, kearsipan, persuratan, dan kerumahtanggaan KKP kelas II Padang.

Pada saat Peraturan Menteri No 70 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan ini mulai berlaku:

Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 356/MENKES/PER/IV/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan dan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 2348/MENKES/PER/XI/2011 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 356/MENKES/PER/IV/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan sudah dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.